掌握技能学习的地点是构建强力队伍的核心。技能学习主要分为技能机器（TM/HM）、宝可梦自然升级、由特定NPC教授以及通过技能回忆师重新习得等几种固定途径。技能机器作为可重复使用的道具广泛分布在关都地区各个城镇、道路与洞穴中，部分强力技能机器需要击败道馆馆主或完成特定剧情任务方能获得。而秘传机器不仅作为战斗技能，更是推进剧情和探索地图不可或缺的关键工具，例如居合斩必须在圣安奴号游轮的船长室获得，冲浪术则隐藏在浅红市狩猎公园深处的特定房间内。合理规划这些有限资源的分配，对游戏进程至关重要。
宝可梦通过升级自动学习技能是其能力成长的基础机制。每只宝可梦都拥有预设的技能学习表，当经验值累积达到特定等级时便会领悟新的技能。这是一种无需额外消耗道具的自然强化过程，玩家需要熟悉主力宝可梦的成长曲线，以便在关键等级时获得强力的本系招式或实用技能。与技能机器学习不同，升级所获技能是每只宝可梦固有潜力的一部分，构成了其独特的战斗风格基础。后续若需调整，可通过游戏内的特定设施进行处理。
当需要对宝可梦的技能组合进行调整时，技能回忆师提供了重要的补救渠道。该NPC位于第二岛右下角的小屋内，其功能是让宝可梦重新习得在升级过程中已经遗忘的技能。每次服务需要消耗一定数量的大树果或小树果作为代价。这一机制对于纠正错误技能选择、重新配置高威力本系技能或战术性技能具有极高价值，尤其是在准备挑战联盟或重要对战前，能够有效优化队伍的技能搭配。
部分特殊技能并非通过机器或升级获得，而是由散布在世界各地的特定NPC所教授。碎岩术可以在紫堇市右下角的屋子里从粉碎专家处获得。而推动大石头所需的劲力术，则需要在绿萌镇的洞穴中帮助NPC击碎岩石后作为奖励获取。这些NPC通常位于主线或支线剧情的关键节点，与之互动是解锁对应技能的唯一方式，探索时与所有NPC对话往往是发现这些隐藏教学内容的关键。
